Difformità edilizie

Buongiorno, stiamo vendendo la nostra casa di proprietà (già effettuato preliminare) ed in contemporanea acquistandone un'altra (anche qui già fatto preliminare). La nostra casa era un edificio fatiscente su cui abbiamo effettuato, con tutti i permessi a norma, un pesante risanamento conservativo, con fine lavori nell'anno 2014. Ora, in fase di relazione tecnica pre rogito, fissato come data ultima per il 30 agosto, il geometra ha riscontrato delle difformità sulla suddetta (tre cm di altezza mancanti in una camerina e due finestre sulla facciata di casa al secondo piano più grandi rispetto alle misure riportate dall'ingegnere che si è occupato di seguire i lavori e di cui noi eravamo completamente all'oscuro, quindi in buona fede). Per cui, allo stato dei fatti, il geometra ha negato il rogito in attesa di capire il da farsi. Vi chiedo se cortesemente sapeste consigliarci eventualmente delle soluzioni a livello legale per cercare di salvare la situazione e non doverci ritrovare a perdere tutto ed economicamente devastati. Grazie di cuore a chi vorrà consigliarci.